In principe moet de arts alle persoons-en gezondheidsgegevens die deel uitmaken van het patiëntendossier gedurende dertig jaar na het laatste patiëntencontact bewaren.
De inhoud van het patiëntendossier varieert in functie van de bijzondere kwalificaties van de arts, het soort praktijk, de behandeling van de patiënt, enz. (Commentaar bij art. 22, Code van medische deontologie).
De structuur en de categorieën van gegevens die in het patiëntendossier moeten worden vermeld, zijn standaard. Het betreft (1) de persoonlijke sociaal-administratieve gegevens, (2) een verslag van elke consultatie (datum, reden, antecedenten, anamnese, klinisch onderzoek, diagnose, onderzoek/behandeling) en (3) de documenten met de inlichtingen en evaluaties die gebruikt zijn voor de aan de patiënt toegediende zorg, betreffende de gezondheid van de patiënt en de evolutie ervan (verslagen van onderzoeken, protocollen, rapporten, medische beeldvorming, enz.). (Commentaar bij art. 22, Code van medische deontologie).
De wettelijke inhoud van het patiëntendossier verschilt naargelang de bijzondere kwalificatie van de arts en naargelang de arts werkzaam is in een ziekenhuis of niet.
Er is specifieke regelgeving betreffende het patiëntendossier in ziekenhuisverband en voor een huisarts in een globaal medisch dossier. (art. 2, koninklijk besluit van 3 mei 1999 houdende bepaling van de algemene minimumvoorwaarden waarvan het medisch dossier, bedoeld in artikel 15 van de wet op de ziekenhuizen, gecoördineerd op 7 augustus 1987, moet voldoen; art. 1, §§ 1 en 2, koninklijk besluit van 3 mei 1999 betreffende het Algemeen Medisch Dossier).
De Kwaliteitswet, die in werking treedt op 1 juli 2022, voorziet in een minimale inhoud van het patiëntendossier voor elke arts (en zelfs ruimer: elke gezondheidszorgbeoefenaar). (art. 33, wet van 22 april 2019 inzake de Kwaliteitsvolle praktijkvoering in de gezondheidszorg).