Il existe un seul Conseil national, composé de deux sections : une francophone et une néerlandophone. Ces deux sections peuvent se réunir et décider ensemble.
Le Conseil national est constitué comme suit :
- 10 membres effectifs et 10 membres suppléants, chacun choisi par leur conseil provincial pour une durée de six ans ;
- 6 membres effectifs et 6 membres suppléants, nommés par le Roi, pour une durée de six ans parmi les médecins présentés par les facultés de médecine sur des listes de trois candidats ;
- un greffier et un greffier suppléant, nommés par le Roi pour une durée de six ans.
Les deux sections du Conseil national sont présidées par un même magistrat nommé par le Roi, parmi les conseillers effectifs ou honoraires à la Cour de Cassation. Un président suppléant est pareillement désigné par le Roi.
Chaque section du Conseil national élit dans son sein un vice-président qui est aussi vice-président du Conseil national.
Le Conseil national a pour tâche :
- de fixer les principes généraux et les règles relatifs à la moralité, l’honneur, la discrétion, la probité, la dignité et au dévouement indispensables à l’exercice de la profession médicale, qui constituent le Code de déontologie médicale ;
- de tenir à jour un répertoire des décisions disciplinaires qui ne sont plus susceptibles de recours et qui ont été prises par les conseils provinciaux et par les conseils d’appel ; d’adapter, s’il y a lieu, le Code de déontologie en vue d’en compléter ou d’en préciser les dispositions sur la base de cette jurisprudence ;
- de donner d’initiative ou à la demande des autorités, d’organismes publics ou d’organisations professionnelles de médecins, des avis motivés sur des questions d’ordre général, sur des problèmes de principe ou sur des règles de déontologie médicale ; d’approuver les avis des conseils provinciaux ;
- de prendre toutes mesures nécessaires pour la réalisation de l’objet de l’Ordre ;
- de déterminer le montant annuel qui, outre la cotisation destinée au conseil provincial, est réclamé aux médecins comme cotisation pour l’Ordre ;
- de délivrer aux médecins désireux de commencer l'exercice de leur profession dans un autre État membre de l'Union européenne, une attestation certifiant que les conditions de moralité et d'honorabilité sont remplies pour l'accès à l'exercice de la médecine ;
- de communiquer les conséquences que le Conseil national tire de l'appréciation des faits graves et précis susceptibles d'avoir des conséquences sur l'accès de l'art médical ou sur son exercice et communiqués par un État membre de l'Union européenne qui accueille sur son territoire un médecin belge ou dont la Belgique est l'État d'origine ou de provenance et désireux de commencer ou de poursuivre l'exercice de sa profession dans cet État membre.