Er is één nationale raad die bestaat uit een Franstalige en een Nederlandstalige afdeling. Beide afdelingen kunnen samen vergaderen en beslissen.

De nationale raad is samengesteld uit:

- 10 gewone en 10 plaatsvervangende leden, elk verkozen door hun provinciale raad voor 6 jaar;

- 6 gewone en 6 plaatsvervangende leden, voor 6 jaar benoemd door de Koning, uit een voordracht van drie artsen, ingediend door de geneeskundige faculteiten;

- een griffier en een plaatsvervangend griffier, voor 6 jaar benoemd door de Koning.

De twee afdelingen van de nationale raad worden voorgezeten door dezelfde magistraat, benoemd door de Koning onder de (ere)raadsheren van het Hof van Cassatie. De Koning benoemt eveneens een plaatsvervangend voorzitter.

Iedere afdeling van de nationale raad kiest in haar midden een ondervoorzitter, die tevens ondervoorzitter is van de nationale raad.

De nationale raad heeft tot taak:

1. het vaststellen van de algemene beginselen en de regels betreffende de zedelijkheid, de eer, de bescheidenheid, de eerlijkheid, de waardigheid en de toewijding die onontbeerlijk zijn voor de uitoefening van het medisch beroep. Die beginselen en regels vormen de Code van medische deontologie;
2. het bijhouden van een repertorium van de door de provinciale raden en de raden van beroep in tuchtzaken gewezen beslissingen die niet meer voor beroep vatbaar zijn en zo nodig het aanvullen of nader omschrijven van de Code op basis van die rechtspraak;
3. op eigen initiatief of op verzoek van de overheid, van een openbare instelling of een beroepsvereniging van artsen een gemotiveerd advies geven over algemene vragen, over beginselvraagstukken of over regelen van medische plichtenleer en het goedkeuren van de adviezen die door de provinciale raden worden gegeven;
4. alle nuttige maatregelen te treffen die nodig zijn voor de verwezenlijking van het doel van de Orde;
5. jaarlijks het bedrag vast te stellen van de bijdrage die, naast de bijdrage voor de provinciale raad, van de artsen mag worden gevraagd;
6. aan de artsen die hun beroep willen uitoefenen in een andere lidstaat van de Europese Unie een verklaring af te leveren waaruit blijkt dat aan de voorwaarden inzake goed gedrag en betrouwbaarheid, die vereist zijn voor de toegang tot de medische activiteit, is voldaan;
7. mededeling te doen van de consequenties die de nationale raad trekt uit de beoordeling van ernstige en nauwkeurige feiten die van invloed kunnen zijn op de toegang tot of de uitoefening van de geneeskunde en die werden meegedeeld door een lidstaat van de Europese Unie die op haar grondgebied een arts van Belgische nationaliteit of een arts uit België afkomstig ontvangt, en die de uitoefening van de geneeskunde in die andere lidstaat wenst te beginnen of voort te zetten.